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上呼吸道感染有70%～80%由病毒引起。包括鼻病毒、冠状病毒、腺病毒、流感和副流感病毒、呼吸道合胞病毒、埃可病毒、柯萨奇病毒等。另有20%～30%的上感由细菌引起。细菌感染可直接感染或继发于病毒感染之后，以溶血性链球菌为最常见，其次为流感嗜血杆菌、肺炎球菌、葡萄球菌等，偶或为革兰阴性细菌。上感以病毒为主，人们很容易就忽视了细菌感染引起的上感而没有及时予以针对性治疗。病情迁延不愈影响生活工作是小，如果遗留健康损害问题就大了。
细菌感染引起的“感冒”与病毒感染有相似的症状，所以容易被误以为是普通感冒。但是细菌感染与病毒感染从症状还是可以有所区别。一般而言，细菌感染炎症反应比较重。全身症状比较明显，包括畏寒发热，肌肉关节痛，头痛。病毒感染一般是干咳无痰，有痰也是少量粘液。而细菌感染很快就出现脓痰。量多少不一。还有一个重要区别就是在细菌感染咳嗽多伴有局部的疼痛。这是因为细菌感染炎症往往波及全层气管壁，累及气管外膜。刺激神经引起疼痛。
机体对细菌感染反应比病毒要强烈，这是由病原体的抗原性决定的。病毒的抗原性基本决定于外壳蛋白。一般只会引起特异性体液免疫反应。而细菌表面的抗原既可以激发特异性体液免疫反应，也可以激发非特异性免疫反应，还可以以超抗原的方式无选择地刺激抗体产生。同时，细菌还有可能激发自身免疫反应，引起风湿病和肾脏损害。
所以，感冒如果出现明显畏寒发热，咳嗽有脓性痰，咳嗽时胸部有撕扯样疼痛。应该认为有细菌感染，应该尽早开始抗生素治疗。在没有抗菌素滥用问题的国家，一般首先可以使用阿莫西林，48小时症状可以有好转。包括发热缓解，咳嗽减少，疼痛减轻，痰量减少或者由黄转白。用抗菌素要保证剂量，疗程不能少于5天。不抗则已，要抗就抗到底。